Beim installieren einer Anwendung auf einem Windows 2008 R2 Server die den IIS voraussetzt, verlief die Installation ohne Probleme. Grundvoraussetzung der Anwendung war die vorherige Installation vom .NET Framework 4.0 .
Nach der Installation war die Anwendung per URL Aufruf erreichbar, jedoch fehlten unter einigen Menüpunkten Inhalte.

In der Ereignissanzeige von Windows stand folgendes:

Exception type: InvalidOperationException
Exception message: Request format is unrecognized for URL unexpectedly ending in '/jsdebug'.
at System.Web.Services.Protocols.WebServiceHandlerFactory.CoreGetHandler(Type type, HttpContext context, HttpRequest request, HttpResponse response)
at System.Web.Services.Protocols.WebServiceHandlerFactory.GetHandler(HttpContext context, String verb, String url, String filePath)
at System.Web.HttpApplication.MaterializeHandlerExecutionStep.System.Web.HttpApplication.IExecutionStep.Execute()
at System.Web.HttpApplication.ExecuteStep(IExecutionStep step, Boolean& completedSynchronously)

Lösung

ASP net muss noch im IIS registriert werden, dafür muss
folgendes auf der Kommandozeile ausgeführt werden:
c:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319>aspnet_regiis.exe -i

Als Ausgabe erhält man folgendes:
Start installing ASP.NET (4.0.30319).
......
Finished installing ASP.NET (4.0.30319).

Im Anschluss konnte die Anwendung ohne Probleme genutzt werden und die Fehlermeldung stand ebenfalls nicht mehr in der Ereignissanzeige.

Weitere Informationen gut es hier:
http://msdn.microsoft.com/de-de/library/k6h9cz8h(v=vs.80).aspx